Какой лучший способ добавления пользовательских файлов JavaScript?

Используйте wp_enqueue_script() в своей теме

<?php
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'mysite_enqueue' );

function mysite_enqueue() {
  $ss_url = get_stylesheet_directory_uri();
  wp_enqueue_script( 'mysite-scripts', "{$ss_url}/js/mysite-scripts.js" );
}

В плагине

Используйте функцию plugins_url () , чтобы указать URL-адрес вашего файла Javascript:

<?php
define( 'MY_PLUGIN_VERSION', '2.0.1' );
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'my_plugin_enqueue' );

function my_plugin_enqueue() {
  wp_enqueue_script( 'my-script', plugins_url('/js/my-script.js',__FILE__), array('jquery','jquery-ui-sortable'), MY_PLUGIN_VERSION );
}